１月１９日石見国鹿足郡津和野町横堀に生まれる。本名、林太郎。号は鴎外漁史・千朶山房主人・観潮楼主人。
父は静男、母は峰子（森氏）。
森家は津和野藩主亀井家の典医。
生麦事件薩英戦争第一次長州征伐第二次長州征伐９月５日弟篤次郎誕生。１１月養老館教授村田美実宅に通い『論語』の素読を始める。大政奉還藩の儒者米原綱善に師事し『孟子』を学習。鳥羽伏見の戦い養老館に入学、四書の復読に通う。山口鼓渓、渡辺積、堀松陰、村田美実等に学ぶ。藩籍奉還１１月五経の復読に通う。父についてオランダ語を学ぶ。１１月２９日妹きみ（通称喜美子）誕生。養老館に左国史漢の復読に通う。夏、蘭医室良悦について『和蘭文典』を学ぶ。１１月、養老館を退学。戸籍法制走（４．４）廃藩置県布告（７・１４）６月２６日父に従い上京。８月旧津和野藩下屋敷内（南葛飾郡須崎村小梅）に住む。１０月神田西小川町の西周邸に寄寓。本郷壱岐殿坂の進文学社に入り、ドイツ語を学ぶ。東京・横浜問鉄道開通（２１郷）学制令（８・１３、翌年施行）学間ノスゝメ（福沢論吉）６月３０日祖母（於清）、母（峰子）、弟（篤次郎）、妹（喜美子）上京。地租改正令（７・２８）西周ら明六社を結成、「明六雑詰」創刊（７年４月）１月東京医学校予科に入学（この際、願書に万延元年（１８６０〉生まれと記載。以後、公けにはこの生年月日に従う）。佐賀の乱（２．１）４月３０日南葛飾郡小梅村二百三十七番地の家を買う。新間紙条例公布依田学海について漢文を学ぴ、添削を受ける１２月本郷元富士町に医学校が移転し、その寄宿舎に入る。廃刀令制定（３・２８）萩の乱（１０・２８）西南戦争勃発（２・１５）西郷隆盛自害（９・２４）郡区町村編制法公布（７・２２）４月１５日弟潤三郎誕生。６月１７日父静男、南足立郡千住北組十四番地に家を借り転居。７月１日父静男、千住に橘井堂医院を開業。教育令制定（９・２９）寄宿舎を出て本郷竜岡町の下宿屋上条に転居。千住に住む佐藤応渠に漢詩文を学ぴ、同郷の国学者福羽美静、加部巌夫に和歌を学ぶ。３月下宿屋上条失火（ノート類焼失）。７月９日東京大学医学部卒業（卒業試験郷人中８番）。８月２７日南足立郡千住一丁目十九番地に家を借り転居２１年購入）。１２月１６日陸軍に入り、陸軍軍医副（中尉相当）に任ぜられ、東京陸軍病院治療課勤務。ハウフ（独）の物話を漢詩体に意訳（のち『盗侯行』として発表）。９月河津金線君に質す（読売新聞）明治十四年の政変国会開設の詔勅２月７日第一軍管区徴兵副医官となる。２月１７日従七位に叙せられる。５月１２日陸軍軍医本部庶務課へ異動。プラアゲルの陸軍衛生制度の書をもとに『医政全書稿本』全十二巻を編述（比年３月完成）。軍人勅論公布日本銀行開業民約訳解（ルソー・中江兆民訳）新体詩抄（外山正一他）５月４日陸軍二等軍医となる。鹿鳴館開館経国美談（矢野龍渓）６月７日陸軍衛生制度調査およぴ軍陣衛生学研究のためドイツ留学を命せられる。８月２４日横浜港から出発。１０月１１日ペルリン到着。２２日からライプチッヒ大学のホフマン教授に師事。ｌ月 病室著色の事華族今公布・戸長役場を村役場と改称５月２７日一等軍医に昇進。７月２５日正七位に叙せられる。８月２７日ザクセソ軍団秋季演習に参加。１０月１１日ドレスデンに移り、ザグセン軍医監ロートに師事。ザグセン軍団の冬季軍陣衛生学の講習会に翌年の２月まて出席。２月 この月以降、『日本兵食論』（独文）、『日本家屋論』（独文）の著述に従事。『日本兵食論』の大意を作り、石黒軍医監に送付。当世書生気質（坪内逍遥）、小説神髄（逍遥）尾崎紅葉ら硯友社を結成画学生原田直次郎と親交を結ぶ。３月８日ミュンヘンに移り、ミュンヘン大学ペヅテンコーフェル教授の指導を受け始める。ドレスデン地学協会年祭の宴席上、地質学者ナウマンの日本についての講演に偏見を見いだし反論。１２月 日本に関する真相（独文、アルゲマィネーッァイトウング）小学校令、中学校令、師範学校令公布（４・１０）登記法公布（８・１３）４月１６日ペルリンに移る。５月２０日ペルリン大学コッホ教授に師事。９月２２日万国赤十字総会（カールスルー工）に出席、石黒思恵に代り、日本代表としてドイツ語て演説。日本に関する真相再言（独文、アルゲマィネ・ッァイトウング）日本における脚気とコレラ（独文、ドィチエ・メディシニソシェ・ボーへンシエリフト）学位令公布（５．２）浮雲（二葉亭四迷）徳富蘇峰、民友社を結成、「園民之友」創刊７月５日ペルリンを発ち、掃国の途につく。９月８日横浜到着。同日東京に帰る。同日、陸軍軍医学舎（軍医学校）の教官となる。９月１２日ドイツ女性エリーゼ・ビーゲルト来日。１０月１７日エリーゼ・ピーゲルト帰国。１２月１２日陸軍大学校教官、陸軍衛生会議次官を兼任。水道中の病原菌について（独文、ツァイシュリフト・ファール・ハイシーネ）日本住家の人種学的、衛生学的研究（独文）非日本食論八将二其根拠ヲ失ハントス（私費刊行）市町村制公布（４・２５）朝日新間、毎日新間創刊２月２４日海軍中将男爵赤松則良の長女登志子と結婚（媒酌人西周、３月９日裁可）。７月５日兵食試験委員となる。２４日、東京美術学校専修科の講師となり、美術解剖学を講じる。８月２６日日本演芸協会文芸委員となる。（ゴットシャル）小説論（読売新間）〈カルデロン〉・音調高洋箏一曲（読売新間）「東京医事新誌」の主筆となる（医学界の吉い体質を批判し、１１月その座を追われる）。
〈ドーデ〉緑葉の歎（読売新間）陸軍衡生教程「衛生新誌」創刊、以降戦間的医学統計論争を展開。於母影（国民之友）・「しがらみ草紙」創刊「医事新論」創刊大日本帝国憲法発布（２・１１）東海道線全線開通（７月）６月６日陸軍二等軍医正に任命され、軍医学校教官に就任。９月Ｂ日長男於菟誕生。１０月妻登志子と離婚。本郷駒込千駄木町五十七番地に移り千朶山房と号した。ふた夜（読売新聞）・２月舞姫（国民之友）・石橋忍月と「舞姫」論争を展開。舞姫に就きて気取半之丞に与ふる書（しがらみ革紙）うたかたの記（しがらみ草紙）「衛生療病志」創刊小学校令公布（１０‐７）教青勅語発布（１０‐３０）第一回帝国議会開会２月２４日東京美術学校解剖授業の嘱託となる。８月２４日医学博士の学位を受ける。１２月２８日従六位に叙せられる。文づかぴ（新著百種）山房論文（しがらみ草紙）早稲田文学の没理想（しがらみ草紙）・坪内逍遥と「没理想論争」を展開濃尾地震（１０‐２８）五重塔（露伴）「早稲田文学」（第一次）創刊１月３１日駒込千駄木町二十一番地に移り、父母及ぴ祖母とともに住む。８月家を増築し観潮楼と号した。９月慶応義塾大学の講師となり審美学を講しる。美奈和集（永沫集）〈アンデルセン〉即興詩人（しがらみ草紙・めさまし草）７月７日陸軍軍医学校長心得となる。１１月１４日陸軍一等軍医正、軍医学校長兼衛生会議議員となる。１２月１６日正六位に叙せられる。中央衛生会委員となる。５月「しがらみ草紙」を「城南評論」に合併。「衛生療病志」に「傍観機関」欄を設け、「医海時報」を相手に傍観機関論争を展開「文学界」創刊８月２４日陸軍中路兵鈷軍医部長となり朝鮮に向かう。１０月１日陸軍第二軍兵鈷軍医部長となり、６日から広島に執務する。１１月１３日大連に出征。２４日、勲六等に叙せられ、瑞宝章。８月「しがらみ草紙」廃刊（第五十九号）１０月「衛生療病志」廃刊（第五十七号）日清戦争勃発（８・ｌ）滝口入道（高山樗牛）・大つごもり（樋口一葉）４月２１日陸軍軍医監となる。１０月４日東京に凱旋。陸軍軍医学校長に復職。日清講和条約調印（４・１７）三国干渉たけくらベ、にごりえ（一葉）・外科室（泉鏡花）・夜行巡査（鏡花）ｌ月２４日陸軍大学校教官を兼務。４月４日父静男死去。ｌ月「めさまし草」創刊３月〈創作合評〉三人冗語（めさまし草）９月雲中語（めさまし草）１２月都幾久斜〈月草〉活動写真一般公開（１１・２５）今戸心中（広津柳浪）３月２４日陸軍一等軍医正となる。１月「公衆医事」創刊５月がげ草６月衛生新篇西周死去（１・３１）日本勧業銀行設立金色夜叉（紅葉）・源叔父（国木田独歩）・若菜集（島崎藤村）１０月ｌ日近衛師団軍医部長兼軍医学校長となる。１１月亀井伯爵家の貸費学生詮考委員となる。２月審美新説（めさまし草）８月知慧袋（時事新報）１１月西周伝１２月洋画手引草武蔵野（独歩）・不如掃（徳富膚花）